Ein Problem der AMA ist ihre intransparente Wirtschaftsweise, welche bereits vom Rechnungshof kritisiert wurde. Die AMA verwende öffentliche Gelder, entziehe sich aber der Kontrolle durch den Nationalrat, so FPÖ-Agrarsprecher Harald Jannach, der deshalb einen gemeinsamen Antrag mit allen Oppositionsparteien in den Nationalrat einbrachte.

Die Forderung: Der AMA-Verwaltungsrat soll mit Vertretern aller im Hauptausschuss des Parlaments vertretenen Parteien besetzt werden. Am 21. Juni wurde dieser im Landwirtschaftsausschuss thematisiert und schließlich vertagt. Der Präsident der Landwirtschaftskammer Österreich, NAbg. Hermann Schultes meinte, dass Prüfungen des Rechnungshofs ausreichende Kontrolle bieten und wies darauf hin, dass die AMA in der Verantwortlichkeit von Landwirtschaftsminister Andrä Rupprechter fällt. Es scheint, als ob sich die ÖVP nicht in die Karten schauen lassen will, oder hat sie etwa noch mehr zu vertuschen?